Pana a se ajunge la infiintarea echipei Universitatii, in Cluj activitatea fotbalistica a fost prezenta incepand din 1909. in acel an, in aprilie, o selectionata a cluburilor din Ploiesti si Bucuresti ("Asociatiunea sporturilor atletice din Romania") a jucat cu echipele clujene KKAS si KAC, pierzand cu 8-2 si 4-3. in acelasi an Sporting Club Universitar Cluj joaca cu aceeasi selectionata la Bucuresti si castiga cu 5-4. Clubul Universitatea Cluj a fost infiintat in Septembrie 1919 de catre Societatea Sportiva a Studentilor Universitari. in fruntea acestei asociatii se afla prof. univ. dr. Iuliu Hatieganu, cel care este recunoscut ca fondatorul si primul presedinte al clubului. Fiind semnul distinctiv al studentilor clujeni, "sepcile rosii" au dat numele de alint al echipei.

Neexistand inca un sistem competitional la nivelul intregii tari, echipa Universitatii a participat la inceput doar in competitii locale. Jucatorii inceputului au fost: Tripa - Veteanu, Tarlea - Petica, Ratiu, Popovici - Crasnic I, Guga, Popescu, Crasnic II, Gruescu. in anul 1923 echipa a jucat finala "Cupei Mara" cu Chinezul Timisoara (0-2) si a intreprins un turneu in Franta, Italia si Iugoslavia cu formatia urmatoare: Lazar - Tarlea, Albisi - Ratiu, Cuna, Deutsch - Corcan, Serb, Guga, Bonciocat, Giurgiu. in formula predivizionara a campionatului national Universitatea a ajuns de patru ori in turneul final. in 1923-1924 pierde in sferturi cu Chinezul Timisoara (0-0 si 0-3), la fel in 1924-1925 cu UCAS Petrosani (0-3). in 1926- 1927 dupa 3-0 cu AMEFA Arad ajunge in semifinala cu Chinezul Timisoara (2-5). Tot in semifinala s-a oprit si in 1929-1930 (0-3 cu Gloria CFR Arad), dupa ce trece de Staruinta Oradea (4-0) si SG Sibiu (7-0).

Incepand din anul 1932, Universitatea a participat in Campionatul National Divizia A si chiar din primul an a ocupat locul 1 in seria a II-a si a disputat finala campionatului cu Ripensia Timisoara (0-0 si 3-5). Echipa de baza din acel an a fost: Sepci - Sfera, Iancovici - Dobosan, Gain, David - Matei (Tabacu), Ploesteanu, Sepi II, Surlasiu (Stanoef), Baciu. Anul urmator s-a clasat doar pe al treilea loc in seria a II-a, dar a disputat finala Cupei Romaniei cu Ripensia Timisoara (0-5). Au urmat cativa ani cu evolutii oscilante, iar din 1938 joaca in Divizia B timp de 2 ani. in 1940 a revenit in prima divizie si si-a mutat resedinta temporar la Sibiu, din cauza Dictatului de la Viena, care a hotarat cedarea unei parti din Ardeal Ungariei. in ultimul campionat dinainte de razboi (1940-1941) s-a clasat pe locul 12, iar in anul 1941-1942 a jucat finala Cupei Romaniei cu Rapid Bucuresti (1-7) cu formatia urmatoare: Boros - Bretoteanu, Medrea II - Chirila, Musca, Jifcovici - Moldovan, Coman, Dascalu, Medrea III, Taranu. in 1945 echipa a revenit la Cluj si din 1946 a jucat din nou in prima divizie, echipa de baza fiind: Cristea - Straja, Luca, Medrea II - Joja, Radulescu - Taranu, Roman, Dascalu, Jifcovici (Medrea III), Coracu. Din 1946 denumirea echipei a devenit Stiinta Cluj. in 1948-1949 echipa retrogradeaza din nou in Divizia B, dar in acelasi timp joaca finala Cupei Romaniei cu CSCA (Steaua) Bucuresti (1-2). Lotul de baza folosit a fost: dr Cristea - Ioanovici, dr. Luca, Tarau - Craciun, Mihut, Lutz, I Copil, St. Covaci (Avram), Tomescu, Zehan. Din nou stagiul in divizia B a fost scurt si dupa un an, in 1950 revin in primul esalon, unde a jucat timp de 6 ani. in 1958- 1959 echipa a revenit in Divizia A sub conducerea renumitului antrenor Stefan (Pisti) Covaci - Nicoara, Roman, dr Georgescu, Muresan, Costin, Crisan, Marcu, Suciu, Petru Emil, Mateianu, Moldovan, Ivanovici, Munteanu, Lutz, Copil, Kromelly. Urmeaza 18 ani in care Universitatea Cluj (nume la care s-a revenit in 1966) a reprezentat o prezenta certa in prima divizie. in 1972-1973 echipa a obtinut cea mai buna clasare din anii de dupa razboi, locul 3.

In anul 1964-1965 echipa a castigat Cupa Romaniei, ceea ce reprezinta cea mai mare performanta a lui "U". Echipa care a castigat finala Cupei cu Dinamo Pitesti (2-1) a fost condusa de antrenorii Sepci si Cosmoc: Mogut - Marcu, dr Georgescu, Grajdeanu, Remus Campeanu - V. Alexandru, Nesu - Szabo, Ivansuc, Adam, Suciu. Din nou Universitatea a jucat in Divizia B pentru 3 ani, revenind in Divizia A in 1979 sub conducerea lui Petre Moldoveanu, echipa fiind: Moldovan, Lazareanu - Anca, Mos, Iosif Muresan, Ciocan, Uifaleanu, Vidican, Campeanu II, Aurel Muresan, Bagiu, Raduta, Dobrota, Liviu Mihai, Suciu, Florin Pop. Dupa 3 ani a retrogradat din nou, revenind dupa alti 3 ani in Divizia A, in 1985. De data aceasta sub conducerea lui Remus Vlad, care a preluat echipa in 1984, avand la dispozitie urmatorii jucatori: Iasko, Ariciu - Poratchi, Iosif Muresan, Neamtu, Ciocan, Meszaros, Stoica, Fasic, Bucur, Boieru, Florin Pop, Dobrota, Musznai, Fesnic, Bagiu. De atunci Universitatea se afla in Divizia A (cu o sincopa in 1991-1992, cand joaca in B), dar clasarile in acesti ani nu au fost deloc multumitoare. Remarcabila este activitatea clubului la nivelul echipelor de tineret (trei titluri nationale in 1962- 1963, 1970-1971 si 1971-1972) si mai ales la echipele de juniori (sapte titluri nationale in 1955, 1956, 1964-1965, 1966- 1967, 1968-1969, 1971-1972, 1973-1974, 2000-2001).

Cu aceste performante, Clubul "U" este printre primele din Romania la nivelul juniorilor. Universitatea Cluj este cunoscuta ca o echipa care a crescut multi jucatori de seama ai fotbalului romanesc. Cel mai recent si mai cunoscut jucator fiind Ioan Ovidiu Sabau, jucator de baza al nationalei Romaniei in ultimii ani, care a jucat la Dinamo Bucuresti si apoi in Italia, la Brescia Calcio. Alti jucatori de seama ai fotbalului romanesc recent care au trecut pe la "U" sunt portarul Prunea si liberoul Dobos. Dupa o perioada nefasta, cu un an petrecut in Divizia C, echipa a revenit in Divizia B, avandu-l la conducerea echipei pe Ovidiu Sabau. Acesta a incercat realizarea unei echipe noi, cu spirit profesionist, dar neavand sprijinul orasului a renuntat, plecand la Rapid Bucuresti inapoi. in prezent, "U" s-a reorganizat sub forma unei societati pe actiuni, singura sansa pe care o avea pentru supravietuire. Obiectivul echipei de fotbal a fost promovarea in Divizia A in sezonul 2005-2006, insa nu a putut fi realizat. Universitatea a promovat insa in sezonul urmator, 2006-2007, un sezon in care a dominat clar seria a II-a a ligii secunde.

Dupa un sezon 2007-2008 foarte dificil in prima liga, dominat de un ghinion teribil si de schimbarile dese de antrenori si jucatori, Universitatea a retrogradat de pe ultima pozitie, acumuland doar 23 de puncte, cu doua mai putin decat baremul.

Au urmat doua sezoane in liga secunda, dupa care Universitatea a revenit in primul esalon.

În 2016, ”U” a retrogradat, pentru a doua oară în istorie, în liga a treia. Societatea condusă de Florian Walter a intrat în faliment, iar numele, culorile şi palmaresul a fost cedat de Primărie unui club nou-înfiinţat, care va începe din liga a 4-a.